每次調查的田野調查執行期間，大約於當年的農曆年前14天展開，至同年六月底結束。訪問期間包含了農曆新年、清明節等華人社會傳統重要節日，希望藉此提高接觸到受訪者的機會。問卷設計等前置工作，大約在田野調查啟動之前的一年半展開。在問卷設計階段，由研究團隊檢視既有的問卷題組，在維持核心題組盡量不做更動的前提下，考量過去訪問結果、時代變遷等因素，進行核心題組修訂。對於加掛題組，則考量可容許的問卷長度、加掛題組的重要性，及與核心題組的關連等因素，決定加掛題組的內容。問卷初步設計完成後，則視需要進行認知訪談（cognitive interview）或預試（pretest），以測試新增或修改的題目是否恰當。為避免影響正式訪問，預試或認知訪談的對象並非取自正式訪問樣本。研究團隊會視該年問卷設計的實際情形，決定採用整份問卷或部分問卷題目作為預試問卷，並決定以面訪或電訪方式執行預試。在完成認知訪談、預試之後，研究團隊再就訪談結果進行討論與問卷題目修訂，直到問卷內容底定為止。自2014年起，對於問卷內容、調查執行方式與流程、調查資料保管與對外提供方式、樣本名單的管理等，研究團隊均依循研究倫理規範，於每次調查的前置作業階段，即提送中央研究院人文社會科學研究倫理委員會審查，於取得審核通過證明後才啟動田野調查執行工作。
預試、正式調查的田野調查執行工作，是由研究團隊與調查研究專題中心調查訪問組合作進行。對研究團隊預定進行訪問的樣本，調查組會預先郵寄訪函，於訪函中敘明訪問目的、受訪者參與的重要性、預定訪問期間、可資查證的管道、聯絡資訊等；另會寄發公文給內政部警政署反詐騙專線、地區派出所、村里長等，以便受訪者查證。訪員的召募分派，也是由調查組負責。在每次調查中，約有半數以上的訪員曾參與過家庭動態調查訪問。在進行田野調查之前，會進行為期三天左右的訪員訓練，除由研究團隊講解問卷內容、問卷記錄原則外，調查組會講解訪問原則等其他訪員應注意事項。
自1999年至2016年調查，幾乎所有問卷都是採面訪方式，由訪員以一對一訪問的方式完成。直到2018年起，才有部分樣本採取網路自填問卷的方式進行資料蒐集，其餘樣本仍採面訪方式進行資料蒐集。在面訪方面，1999年至2011年是採用紙本問卷進行訪問；2012年起改以調查研究專題中心開發的電腦輔助面訪（computer-assisted personal interviewing, CAPI）系統進行訪問，由訪員攜帶配備CAPI系統的平版電腦，與受訪者進行訪談，並在平版電腦上進行記錄。2018年開始採用的電腦輔助網路調查（computer-assisted web interviewing, CAWI）系統，亦是由調查研究專題中心自行開發。
為確保訪問品質，在訪問候會抽取部分樣本，利用電話或電子郵件進行複查（retest）；對於難以自前述管道進行複查的樣本，則會請訪員以外的人員進行實地複查。自2020年開始，面訪調查由於會在徵求受訪者同意後進行錄音，僅有少數完訪者需透過電話進行複查。而對網路自填問卷的受訪者，則一律以電話複查。
除在調查執行過程中即進行資料檢核外，在田野調查結束後，會進一步進行資料清理，並製作過錄編碼簿（codebook）等資料說明文件（metadata）。資料檢核的項目包含不合理值（illegal values）及邏輯檢核等。除了確認每個變項的數值皆在合理範圍內，也確保前後題項的答案符合邏輯的一致性。另會就相同樣本不同波次的資料進行比對，以盡量減少前後波次答案不一致的可能性。
追蹤原則
主樣本於首波調查以主樣本首波調查問卷進行訪問。對完成首波問卷訪問的主樣本，會持續以追蹤主問卷進行追訪。在2012年之前，主樣本的追訪是每年進行；自2012年起，改為每兩年追訪一次。
主樣本於首波調查以主樣本首波調查問卷進行訪問。對完成首波問卷訪問的主樣本，會持續以追蹤主問卷進行追訪。在2012年之前，主樣本的追訪是每年進行；自2012年起，改為每兩年追訪一次。
主樣本若未能於首波訪問中完訪，後續即不再接觸。首波問卷完訪的主樣本，會持續嘗試進行追蹤。但受訪者可能因為聯絡不上、拒訪、死亡等因素而流失。部分聯絡不上或拒訪的受訪者，亦有可能在中斷數年後重新接受訪問。 子女樣本自符合受訪對象年齡範圍的年度起，會持續嘗試接觸進行訪問。子女樣本在第一次完成訪問後，即視為獨立個案進行追蹤，不受當年度主樣本是否完訪影響。但若主樣本因長期聯絡不上、拒訪、重病、死亡等因素，而讓計畫決議不再嘗試進行追蹤的情況下，從未完成任何訪問的子女樣本也將一併停止接觸，僅持續追蹤其他子女樣本。